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熒光團是一種熒光化學物質，在激發時可以重新發光。熒光團可與蛋白質或寡核苷酸綴合以產生用于檢測蛋白質和核酸表達的熒光標記。熒光標記在功能上接受給定波長的光能（例如，來自激光）并以更長的波長重新發射能量。這兩個過程稱為激發和發射。根據儀器設置（參見圖 1 中的激光器和檢測通道）、熒光團的特征以及一定面板（例如四色、六色或十色面板）所需的標記，流式細胞術中使用不同類型的熒光團。
圖 1 流式細胞儀的品牌名稱及其激光和通道設置。
圖 2 Caprico Biotechnologies 的 10 種顏色面板以及常用熒光團的光譜。
FITC、PE、APC 和 PerCP 等染料多年來已成為標準。串聯染料由與較大熒光團共價耦合的小熒光團組成，可最大限度地利用特定設備，增加每個激光器的檢測通道，并為有價值的（有時非常有限的）樣品生成更多信息。用于表面或細胞內表位檢測的常用熒光團如圖 2 所示。許多熒光團在流式細胞術中具有潛在的應用。 Alexa Fluor、iFluor 和 mFluor 等新一代小分子熒光團正在迅速取代許多傳統熒光團，為用戶提供更高的光穩定性和更明亮的熒光。 CBI 提供這些高性能熒光染料：iFluor™ 和 mFluor™ 系列。
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