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獲得代謝組學數據后，需要利用軟件讀取并分析原始數據的信息，以確定原始數據中所含代謝成分的組成和含量。有許多統計軟件可以讀取和分析核磁共振譜和質譜數據。 XCMS 是一款常用的免費軟件，用于讀取和分析質譜原始數據。類似的常用軟件還有MZmine2、MetAlign、MathDAMP、LCMStats等。
一旦獲得代謝物組成和含量，就可以對這些數據進行統計分析。常用的分析方法包括主成分分析(PCA)、偏最小二乘回歸、聚類分析、差異表達分析等。結果還可以利用上述數據庫進行功能和通路富集分析。
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