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常用的代謝組相關數據庫包括人類代謝組數據庫（HMDB）、KEGG數據庫、Reactome數據庫等，介紹如下： 人類代謝組數據庫（HMDB）是代謝組學中比較流行的數據庫之一，包括人類小分子的詳細信息體內發現的分子代謝物，不少于79,650個代謝物條目。 SMPDB 數據庫與 HMDB 鏈接，包含大約 700 條人類代謝和疾病途徑的途徑圖。 KEGG數據庫是流行的代謝組數據庫之一，包含代謝途徑和相互作用網絡的信息。 Reactome數據庫主要收集人體主要代謝途徑和重要反應的信息。 MassBank數據庫主要收集許多高分辨率低代謝成分的光譜。
BioCyc 數據庫包含途徑和基因組數據。 METLIN 數據庫是一個商業代謝組和串聯質譜數據庫，包含約 43,000 種代謝物和 22,000 個 MS/MS 譜圖。 FiehnLib 數據庫是一個商業代謝組數據庫，包含約 1000 個保守代謝物的 EI 譜。
NIST/EPA/NIH 質譜庫數據庫也是一個商業代謝組數據庫，包含超過 190,000 個 EI 譜圖。 BioCyc 數據庫收集途徑和基因組數據，并且免費提供。 MetaCyc 數據庫全面收集了許多不同生物體的代謝途徑和酶的信息，包括 51,000 多篇文章。 MMCD數據庫收集了10,000多種代謝物的信息及其MS和NMR數據，其中大部分是擬南芥代謝物。
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