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流式細胞儀是一種對細胞進行自動分析和分選的設備。它可以快速測量、存儲和顯示懸浮在液體中的分散細胞的一系列重要的生物物理和生化特征參數，并可以根據預選的參數范圍篩選出的細胞亞群。大多數流式細胞儀都是零分辨率儀器，只能測量細胞內的總核酸、總蛋白等指標，而無法識別和測量特定部位的核酸或蛋白量。也就是說，它的細節分辨率為零。
流式細胞儀可以同時進行多參數測量，信息主要來自特異性熒光信號和非熒光散射信號。測量是在測量區域內進行的，所謂測量區域是照射的激光束與從孔口噴出的液流束的垂直交點。當液流中心的單個細胞通過測量區域時，受到激光照射，以2π立體角向整個空間散射光。散射光的波長與入射光的波長相同。散射光的強度及其空間分布與細胞的大小、形狀、質膜和內部結構密切相關，因為這些生物參數還與細胞的光學特性有關，例如光的反射和折射。未染色的細胞具有散射光的特征，因此可以使用不同的散射光信號對未染色的活細胞進行分析和分類。當然，由于光學特性的變化，固定和染色的細胞與活細胞具有不同的散射光信號。散射光不僅與作為散射中心的細胞的參數有關，還與散射角、收集散射光的立體角等非生物因素有關。
在流式細胞術測量中，常用兩種散射光散射方向：①前向角（即0角）散射（FSC）； ②側向散射（SSC），又稱90角散射。此時所說的角度是指激光束的照射方向與收集散射光信號的光電倍增管的軸向形成的大致角度。一般來說，前向角散射光的強度與細胞的大小有關，對于相同的細胞群，前向角散射光的強度隨著細胞橫截面積的增大而增大；對球形活細胞的實驗表明，在小立體角范圍內基本一致。截面積的大小呈線性；對于具有復雜形狀和方向的細胞，它們可能變化很大，并應特別注意。側向散射光的測量主要用于獲取有關細胞內部精細結構的顆粒性質的信息。側向散射光雖然也與細胞的形狀和大小有關，但它對細胞膜、細胞質和核膜的折射率更敏感，對細胞質中較大的顆粒也能給出敏感的反應。并且還可以對細胞質中較大的顆粒做出靈敏的反應。并且還可以對細胞質中較大的顆粒做出靈敏的反應。
實際使用時，儀器首先要測量光散射信號。當光散射分析與熒光探針結合使用時，可以識別樣品中染色和未染色的細胞。光散射測量有效的用途是從異質群體中識別某些亞群體。
熒光信號主要包括兩部分：①自發熒光，即細胞內部的熒光分子受光照射后未經熒光染色而發出的熒光； ②特征熒光，即熒光染料發出的熒光染料被照射后與細胞結合。熒光，其熒光強度較弱，且波長也與照射的激光不同。自發熒光信號是噪聲信號，在大多數情況下會干擾特定熒光信號的分辨率和測量。在免疫細胞化學等測量中，如何提高信噪比是低結合水平熒光抗體的關鍵。一般來說，細胞成分中自發熒光分子（如核黃素、細胞色素等）含量越高，自發熒光越強；培養細胞中死細胞/活細胞的比例越高，自發熒光越強；細胞樣品中亮細胞的比例越高，自發熒光越強。
減少自發熒光的干擾，提高信噪比的主要措施有： 1、盡可能使用較亮的熒光染料； 2、選擇合適的激光器和濾光光學系統； 3. 使用電子補償電路來補償自發熒光的背景貢獻。
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