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在細胞培養中，理想的水凝膠可以精確復制通常存在特定細胞類型的天然 ECM 的功能。選擇用于細胞培養的水凝膠時要考慮的因素包括：
可調節性——是否可以輕松添加官能團，是否可以改變水凝膠的彈性（剛度）？
功能性——RGD 和層粘連蛋白等功能性基序是否可用？
生物降解性——通常需要允許細胞遷移。最終，細胞將產生自己的 ECM。然而，過快的降解可能沒有足夠的時間來實現這一點。生物降解性對于臨床轉化應用也很重要。
電荷——有時會被忽視，水凝膠的電荷會對特定細胞類型的適用性產生重大影響
易于處理——水凝膠需要與細胞混合，然后轉移到培養孔中。一旦部署，可以使用化學或紫外線交聯來實現這一點。細胞培養基中存在的離子還可以顯著增加交聯和凝膠硬度。
定義——尤其是動物源性水凝膠，是一個復雜的黑匣子，人們對它們對細胞的影響知之甚少。
可分析——應該可以從水凝膠中回收細胞進行分析，并且可以在細胞仍嵌入凝膠中時對其進行分析
無動物成分——動物源性水凝膠存在批次差異，存在嚴重的供應問題，無法輕易轉化為臨床，并且存在倫理挑戰。
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