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CleanPlex ®是一種超可擴展且超靈敏的NGS 擴增子測序技術。它具有高度先進的專有多重 PCR 引物設計算法、極其均勻的多重 PCR 擴增化學物質 和 創新的背景清潔化學物質。它們共同使得 CleanPlex 即用型和定制 NGS 面板能夠突破傳統的基于擴增子和基于混合捕獲的目標富集技術的限制。
功能亮點：
超高的擴增均勻性和超低的PCR背景噪音（更準確的變異調用或更低的測序成本）
單管 3 小時工作流程，手動操作時間最少（輕松自動化）
兼容困難樣品（降解的FFPE DNA、FFPE RNA、cfDNA、cfRNA）和主要測序平臺（Illumina、Ion Torrent、Genapsys、MGI DNBSeq）
高的靈敏度（低至單細胞水平直接擴增*）
出色的面板大小可擴展性，單個多重 PCR 池中的擴增子數可達 20,000 多個
檢測和分析單核苷酸變異（SNV）、小插入和缺失（Indels）、拷貝數變異（CNV）、基因融合/剪接變異、基因表達水平、腫瘤突變負荷（TMB）、微衛星不穩定性（MSI）、內部串聯復制（ITD）等
以下是從 DNA 提取到測序數據分析的高級靶向測序工作流程（圖 1）。目標富集和文庫制備工作流程（步驟 2）至關重要，通常決定測序數據的質量。
以下是 CleanPlex DNA 擴增子測序文庫制備的典型工作流程（圖 2）。 CleanPlex DNA 工作流程涉及 3 個簡單步驟，每個步驟包括熱循環或孵育反應，然后使用磁珠進行文庫純化。簡化的方案僅需 3 小時即可完成。在步驟 1 中，在多重 PCR 反應中擴增感興趣的靶標。在步驟 2 中，引物二聚體、非特異性 PCR 產物和復雜的分子碎片在具有創新和專有 CleanPlex 背景清潔化學的消化反應中被生化去除。在步驟 3 中，通過 PCR 索引反應為文庫添加樣本索引條形碼。輸入材料可以是基因組 DNA 和從 FFPE、新鮮/冷凍組織或血液活檢中提取的 DNA。通過在前面添加逆轉錄步驟，輸入材料也可以是RNA。 （圖3）
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