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BiteSizeBio列出了“清理 DNA 樣本的 5 種方法"。在某種程度上，這個總結是過時的并且具有誤導性。讓我們來看看它們是如何工作的。
苯酚-氯仿萃取以去除蛋白質。將 DNA 溶液與苯酚和氯仿混合。水溶性 DNA 分配到水相中，而蛋白質在有機溶劑存在下變性，從而留在有機相中。
乙醇沉淀脫鹽。在 DNA 提取中，鹽通過破壞將核酸固定在一起的蛋白質鏈來釋放 DNA 鏈。由于 DNA 不溶于乙醇。在乙醇溶液中，鹽使 DNA 不易溶于水，同時有助于保持蛋白質（有機小分子）溶解在水中。結果是，DNA 分子聚集并從溶液中沉淀出來。
基于硅膠柱，使用硅膠或硅膠珠和離液鹽。離液鹽會破壞鏈之間的氫鍵，促進 DNA 與二氧化硅的結合以及與樣品其余部分的分離。
陰離子交換使用帶正電荷的 DEAE 功能化樹脂結合帶負電荷的 DNA 磷酸主鏈。
磁珠使用磁珠以 pH 依賴性方式有條件地結合 DNA，讓您只需控制 pH 即可將 DNA 與樣品的其余部分分離。磁珠帶正電，在低 pH 條件下結合 DNA，但在高 pH 條件下，它們帶負電荷，從而釋放 DNA。
前兩個實際上是稱為有機提取的DNA 提取方法的一部分，該方法包括裂解步驟、苯酚氯仿提取、乙醇沉淀和洗滌步驟。
后 3 個用于 DNA 清理。所有步驟都包括結合、洗滌和洗脫步驟。其中基于磁珠的方法，因為不需要離心和其他耗時的處理步驟。它是高通量處理自動化的理想選擇。由于它是現在的主流方法，珠子的成本在過去十年中下降了一半。
圖 3. DNA 純化工作流程。
混合：將納米顆粒與 DNA 樣品混合。
結合：當與樣品混合時，納米粒子與目標 DNA 樣品結合。
清洗：使用磁力（例如磁力分離架）來拉動和聚集結合的材料。通過抽吸去除未結合的材料，剩下的是納米顆粒結合的目標。
洗脫：從納米顆粒中釋放結合的目標樣品。清潔后的 DNA 樣品即可用于下游應用。
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