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xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備機械剪切試劑盒 v2 可制備適用于使用降解樣本的多類研究應用的二代測序 (NGS) 文庫，這些應用包括：
低頻體細胞變異 SNP 識別
插入/缺失 (insertions/deletion, indel)
識別遺傳種系 SNP 和 indel
全基因組測序 (WGS)
xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備實驗方案需要大約 4 個小時，僅包括四個主要步驟，充分減少了樣本處理操作（圖 1）：
末端修復。 末端修復酶混合物將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA（如 FFPE DNA）轉化為可用于連接的平末端 DNA。
連接 1。 在連接 1 酶的催化作用下，將連接 1 接頭單鏈添加到剪切 DNA 片段的 3' 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來，可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個封閉基團，以防止形成接頭二聚體。
連接 2。 連接 2 接頭充當引物，與連接 1 接頭互補，填充堿基間隙，然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端，以形成雙鏈產物。
PCR 擴增。 包含 xGen 2x HiFi PCR 混合液，用于執(zhí)行加標簽 PCR（引物單獨出售），以便于進行 Illumina® 測序。
圖 1. xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機械剪切試劑盒工作流程。 在第一步中，末端修復酶將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA 轉化為可用于連接的平末端 DNA。然后，在連接 1 酶的催化作用下，將連接 1 接頭單鏈添加到 DNA 插入片段的 3′ 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來，可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個封閉基團，以防止形成接頭二聚體。連接 2 接頭充當引物，與連接 1 接頭互補，填充堿基間隙，然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端，形成雙鏈產物。在最后一步中，通過 IDT 2x HiFi PCR 混合液進行 PCR，在片段上加上樣本標簽序列，以便在 Illumina® 平臺上測序。
xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機械剪切試劑盒包括末端修復、連接 1 和連接 2 反應以及 PCR 所需的所有試劑。
表 1. 規(guī)格參數(shù)、更多試劑和設備。
| 功能 | 詳情 |
|---|---|
| 樣本類型 | 高品質 DNA、cfDNA、來自 FFPE 樣本的 DNA |
| 起始量范圍 | 1–250 ng |
| 接頭 | 包含 |
| 標簽引物（不包含） | xGen UDI 引物* |
| PCR 擴增試劑 | xGen 2x HiFi PCR 混合液，包含 |
| 兼容的測序平臺 | Illumina® 測序儀 |
| 兼容的雜交捕獲封閉序列 | xGen Universal Blockers—TS Mix |
xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機械剪切試劑盒經過優(yōu)化，可與 xGen 雜交捕獲探針和試劑無縫配合使用（圖 2）。無論您的項目需要全外顯子組測序還是定制探針組，IDT 均可提供適合您的捕獲解決方案。
圖 2. 雜交捕獲和測序研究工作流程概覽。
Syntezza Bioscience 成立于 2003 年，專注于在以色列提供先進的分子生物學產品和測序服務，我們是以色列的供應商。 Syntezza 為學術和政府研究機構、醫(yī)院和 HMO 以及制藥、農業(yè)、環(huán)境、生物技術和醫(yī)療診斷行業(yè)的企業(yè)客戶提供服務。Syntezza經銷IDT-Integrated DNA Technologies全系列DNA、RNA和CRISPR產品，IDT和MGI的NGS Library Prep試劑盒，GRiSP的研究試劑，BioBasic的定制基因和肽，BioBasic的定制mRNA和庫存產品TriLink、GenTegra 的 DNA 和 RNA 穩(wěn)定試劑盒以及內部開發(fā)的研究試劑。
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