使用基于適配子的抑制 DNA 聚合酶優化 SNP 分析：成功 PCR 的關鍵技巧

更新時間：2025-05-08 點擊次數：608

什么是適配子？

適配子是短的單鏈寡核苷酸，旨在識別并結合特定的靶分子，例如蛋白質或小分子。使用指數富集配體的系統進化（SELEX）過程，適配體的特異性和親和力進行了優化。

在 PCR 應用中，適配體具有幾個優點：

低分子量
易于修改
出色的穩定性

基于適配子的 DNA 聚合酶抑制

在 Genaxxon，寡適配體用于特異性抑制 SNP DNA 聚合酶的活性。這些適配體在低溫下與聚合酶的活性位點結合，阻斷其活性。只有當溫度超過 54°C 時，適配體才會分離，從而允許反應繼續進行。

由于適配體在較高溫度下不會變性，因此當溫度降至 54°C 以下時，它們會重新結合。這意味著，為了使用我們的 SNP DNA 聚合酶成功進行 SNP 分析，退火溫度必須始終高于 55°C，以確保高效擴增。在引物設計過程中必須考慮這一點。

優化退火 T溫度

如果退火溫度低于 55°C，則擴增可能會顯著減少或抑制。對于富含 AT 的序列，應使用較長的引物以確保更強的結合。

提高退火溫度的另一種方法是使用鎖核酸（LNA）。這些修飾的核酸于 1997 年由 Jesper Wengel （1）和 Takeshi Imanishi （2）獨立描述，此后成為基于雜交的應用的主要成分。摻入單個 LNA 堿基會使每個 LNA 堿基引物的熔解或退火溫度升高約 2-3°C （3， 4）。對于 SNP 分析，LNA 堿基最好位于引物的中間，因為將它們放置在末端附近效果較差。

結論

基于適配子的抑制劑在 SNP 分析中具有顯著優勢，特別是在精確的聚合酶活性控制和高特異性方面。然而，最佳的 PCR 性能需要足夠高的退火溫度。如有必要，可以使用 LNA 寡核苷酸進一步提高效率并獲得最佳結果。

Genaxxon 提供特殊適體抑制的 DNA 聚合酶，非常適合 SNP 分析。這些高選擇性酶經過專門修飾，可用于精確的 PCR 檢測和突變檢測，非常適合“大海撈針"的用途。

Literatur

1. LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition. Koshkin AA, Singh SK, Nielsen P, Rajwanshi VK, Kumar R, Meldgaard M, Olsen CE, Wengel J; Biochemistry (2006), 45 (23), S. 7447–7455; doi:10.1021/bi060307w.

2. Synthesis of 2′-O,4′-C-methyleneuridine and -cytidine. Novel bicyclic nucleosides having a fixed C3, -endo sugar puckering. Obika S, Nanbu D, Hari Y, Morio KI, In Y, Ishida T, Imanishi T; Tetrahedron Letters (1997), 38 (50), S. 8735–8738; doi:10.1016/S0040-4039(97)10322-7.

3. Structures, dynamics, and stabilities of fully modified locked nucleic acid (β-D-LNA and α-L-LNA) duplexes in comparison to pure DNA and RNA duplexes. Suresh G, Priyakumar UD; J Phys Chem B. (2013), 117(18):5556-64. doi: 10.1021/jp4016068.

4. Biological Activity and Biotechnological Aspects of Locked Nucleid Acids. Lundin KE, H?jland T, Hansen BR, Persson R, Bramsen JB, Kjems J, Koch T, Wengel J, Smith CI; Adv Genet. (2013), 82:47-107. doi: 10.1016/B978-0-12-407676-1.00002-0