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詳細介紹
| 品牌 | 其他品牌 | 供貨周期 | 一個月 |
|---|---|---|---|
| 應用領域 | 醫療衛生,環保,化工,生物產業,綜合 |
高通量和超長讀取(100 kb-1+Mb)現在齊頭并進，可以成為您實驗室的常客與Nanobind超長測序。該方法已被用于生成長的測序數據。我們在2020年1月以2.44 Mb的讀取量打破了之前的2.3 Mb記錄。幾個月后，我們以290萬的讀取量打破了這一記錄。最近，牛津納米孔以他們自己的4.1 Mb的讀取量打破了我們的記錄。
最高的讀長度和吞吐量組合
與以前的超長測序方法相比，這種新方法的吞吐量提高了10-100倍。在廣泛的樣本類型中，始終獲得1-2+Mb的最長讀取，50-100+kb的讀取長度N50，以及10-20+Gb的MinION吞吐量和50-100+Gb的PromethION吞吐量。
此方法旨在100+kb和200+kb讀取的數據量。雖然該方法可以用于生成超過200 kb的讀取長度N50，但超長數據吞吐量實際上可以通過更溫和的讀取長度N50 (50-100 kb)。秘訣在于保持高毛孔占有率。
該方法
首先，使用適當的Nanobind試劑盒(CBB，植物核或組織)提取UHMW(50 kb1+Mb)DNA。我們開發了全新的UHMW DNA提取方案，從而降低了DNA的粘性，提高了測序吞吐量，甚至延長了讀取長度。
每個Nanobind UL庫準備套件配有一個UHMW DNA輔助套件，與適當的Nanobind套件一起用于UHMW DNA提取。
然后，將Nanobind UL文庫準備試劑盒與Oxford Nanopore超長DNA測序試劑盒(SQK-ULK001)結合使用，制備UHMW DNA進行測序。基于轉座酶的方法用于將測序適配器和馬達蛋白添加到UHMW DNA中。ONT試劑盒包含所有酶和試劑。我們的工具包包含Nanobind磁盤和緩沖區執行反應清理。與磁性顆粒不同，我們的磁性Nanobind磁盤可以在不剪切的情況下快速純化兆酶DNA，首先在提取中，然后在文庫準備中。
與其他超長測序方法相比，這種新方法不使用快速測序試劑盒(SQK-RAD004)。與Oxford Nanopore合作，對提取、文庫準備和測序進行了基礎優化，以實現高孔隙占有率，從而大幅提高產量。它與MinION, GridION和PromethION兼容，并對核酸酶沖洗反應良好。
標準的Nanobind超長測序協議生成一個6倍的MinION庫或3倍的PromethION庫，該庫被拆分并按順序加載到相同的流式細胞上，通過核酸酶沖洗間隔以最大限度地提高吞吐量(每個流式細胞3次加載，每次24小時)。MinION/GridION/PromethION使用相同的協議。
該方案最初是在培養的細胞、細菌、人血和有核血液樣本上開發的。從那時起，它已經擴展到動物組織和植物樣本。改進讀取長度和進一步擴大樣本類型的工作正在進行中。
包括:
1.NAF無醇結合緩沖液
2.WAF無酒精洗滌緩沖液
3.EB +洗脫緩沖
4.6x Nanobind磁盤
每個套件可用于運行6個流單元，使用3X庫。
還包括與適當的Nanobind試劑盒結合使用的UHMW DNA輔助試劑盒，以執行UHMW DNA提取。每個輔助套件包含:
1.10X 紅細胞裂解緩沖液
2. 蛋白酶K
3.核糖核酸酶一
4.CLE3消化緩沖液
5.ULL裂解/結合緩沖液
6.CS消化補充劑
上海牧榮生物科技有限公司
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