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對于大多數實驗室來說，正確的決定取決于科學和成本的某種結合。需要考慮的一些問題是：
您需要多少材料以及需要多長時間？
早期探索型項目可能只需要有限數量的材料，或者您的工作流程可能一次僅使用幾微克的抗體。利用多克隆生成對于這些情況非常有效。兔子是多克隆抗體的行業標準，因為它具有強大的免疫系統，并且可以根據需要靈活地一次生產多年的抗體。如果您需要預先大量的材料而不是長期使用，那么對較大的動物（例如山羊）進行免疫可能會有所幫助。
然而，如果您正在嘗試生產用于有可能無限期使用的檢測的試劑，那么單克隆生產可能更理想。
抗體的活性是否必須始終相同，或者某些批次間的差異在您的系統中是否可行？
通過多克隆生產，動物得到免疫，您的測試物品就成為最終收集到的一切。隨著時間的推移，反應可能會發生變化或成熟，但可以通過在檢測中使用一致量的抗體來減輕這種情況。
同時，單克隆生產的明確目的是執行多個篩選步驟，以找到表達適合您的檢測反應的抗體的單個細胞系。只要能夠保持穩定性，該細胞系就應該能夠在您需要時表達抗體。最終一致性的最終保證是對抗體的可變區進行測序并將其生產為重組蛋白。
該項目有時間限制嗎？
多克隆項目平均需要三個月的時間，而分離出具有所需性能的特定單克隆細胞系可能需要六個月的時間。此后生產重組蛋白形式的抗體可能還需要三個月或更長時間。
您是否已經擁有希望與新生成的材料并行使用的現有抗體？
無論您當前擁有的抗體是多克隆還是單克隆，請選擇不同的物種來開發第二抗體。這樣您就可以用單獨的二抗進行探測并同時查看兩種反應性。例如，在雞、山羊或豚鼠中制備多克隆是最常選擇與現有兔抗體并行使用的選項。
您的預算是多少？
由于固有的成本效益（平均單克隆成本約為平均多克隆成本的六倍），同時多種抗體的高通量需求很可能會利用多克隆生產。然而，對于早期診斷或治療，以單克隆項目開始可能會更好地滿足您的整體需求，并在項目加速方面帶來紅利。
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